Cả hai vương triều Mạc và Hậu Lê được dựng lên trong bối cảnh rất phức tạp và đầy biến động. Hai bên là hai thế lực không dung hòa, mục tiêu của cả hai bên trong cuộc chiến là tìm mọi biện pháp để loại trừ lẫn nhau. Do đó việc quan trọng hàng đầu của cả hai chính quyền Mạc-Lê là xây dựng và củng cố lực lượng quân sự mạnh để chiến thắng trên chiến trường[3].

Ngay sau khi xây dựng lên vương triều Mạc, Mạc Thái Tổ đã xây dựng Dương Kinh (Hải Dương) làm thế ỷ dốc cho Thăng Long, đồng thời cải tổ quân đội. Lực lượng của Bắc triều có 12 vạn người và tổ chức khá chặt chẽ[3]. Nam triều tuy sở hữu đất đai hẹp hơn nhưng quân đội thường trực cũng thường xuyên có 6 vạn người[4].

Trong thời kỳ đầu khi nhà Mạc gặp mâu thuẫn nội bộ, Nam triều tổ chức tấn công ra bắc 11 lần, có những lần kéo dài tới 2 năm. Quân Mạc thời kỳ này chủ yếu là phòng thủ, chỉ 4 lần tổ chức đánh vào Thanh Hóa. Chiến trường chính là Sơn Nam và Thanh Hóa.

Từ năm 1570, Bắc triều ổn định trở lại và đứng vững thì Nam triều lại phát sinh mâu thuẫn. Tận dụng cơ hội này, Bắc triều chủ động tấn công. Nam triều phải co về phòng thủ và chiến trường chính diễn ra tại vùng sông Chu, sông Mã, sông Cả ở Thanh Hóa, Nghệ An.

Các nhà nghiên cứu tổng kết: trong 60 năm chiến tranh (1533–1592) giữa Lê và Mạc đã diễn ra 38 trận lớn nhỏ[4], cả hai bên đều huy động gần hết các lực lượng lao động chính trong xã hội vào cuộc chiến cùng những nhân tài, vật lực trong tay. Sau mỗi trận đánh, lực lượng mới lại được huy động để bù đắp cho lực lượng tổn thất trên chiến trường.

Cuộc chiến đã tác động tiêu cực đến đời sống nhân dân lao động. Sản xuất bị đình trệ, ảnh hưởng đến đời sống kinh tế toàn quốc. Không những nông dân, những người thợ thủ công cũng chịu mức thuế khóa nặng nề để cung ứng cho cuộc chiến[32].

Tại các khu vực chiến trận tiếp diễn trong nhiều năm và nhân dân vẫn tiếp tục chịu cảnh lầm than, đồng ruộng bị bỏ hoang. Dân gian còn lưu lại những câu ca dao nói về sự khổ cực của nhân dân trong việc lao dịch, quân ngũ vì chiến sự ở Cao Bằng: